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邓子新团队在微生物信息学研究方面取得系统性进展

来源:金沙游艺场网址 发布时间 :2015-02-04  阅读次数 :5428

       近日,国际知名微生物学刊物《环境微生物》(Environmental Microbiology) 在线发表了金沙网址微生物代谢国家重点实验室邓子新团队的最新研究论文 SecReT6: a web-based resource for type VI secretion systems found in bacteria (http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1462-2920.12794/abstract)。这是继该团队在2013年发表细菌IV型分泌系统数据库后 (Bi, et al. Nucleic Acids Research, 2013, 41, D660-D665),在微生物信息学研究领域取得的又一新系统性进展。该研究论文的第一作者为我院2011级博士生李骏,指导教师为该团队的欧竑宇教授。

 

 

       六型分泌系统 (type VI secretion system, T6SS)是一种在革兰氏阴性细菌中广泛存在的多功能、多组分的跨膜通道结构。T6SS能够介导效应蛋白的精确转运,在病原菌致病和细菌间拮抗等重要生物过程中扮演着关键角色。本研究成果通过文献深度挖掘和生物信息学精确预测,在近五百个已测序细菌基因组中识别出九百多个T6SS,建立了开放的分子生物学数据库SecReT6 (http://db-mml.sjtu.edu.cn/SecReT6/)。SecReT6还提供了T6SS核心组件基因簇的预测和比较等在线工具,有助于微生物学实验人员发现新的T6SS效应蛋白及免疫蛋白。本研究是微生物代谢国家重点实验室在分子微生物学和生物信息学等多学科交叉所取得的系统性研究进展之一,有助于实现微生物功能组学大数据的深度挖掘。

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